1500-1503
41. Alfons d'Aragó
Un president absentista de les seves obligacions polítiques i eclesials
El juliol del 1500 el bisbe de Tortosa, i a partir del 1513 arquebisbe de Tarragona, Alfons d'Aragó, és triat per ocupar el càrrec de diputat eclesiàstic. Nascut a València, se li atribueixen llargues absències de la seva diòcesi i fins i tot se l'ha responsabilitzat de la degradació de l'obra del temple i de la vida religiosa del territori del bisbat. Arribarà a arquebisbe de Tarragona gràcies a la intercessió del seu oncle Ferran el Catòlic. Deixant de banda la represa de la guerra amb França i la consegüent convocatòria de Corts Generals a Barcelona a principi del 1503, la principal preocupació dels diputats i oïdors d'aquest trienni van ser els problemes de jurisdicció amb la Inquisició. Els inquisidors interferien en causes profanes, executaven béns d'innocents que eren creditors d'heretges condemnats i s'excedien en molts altres aspectes que els catalans van denunciar reiteradament davant el rei. En el rerefons de l'enfrontament amb els inquisidors hi havia motivacions econòmiques: si les causes no eren vistes a l'Audiència, la Diputació del General no tenia ingressos per fer front als costosos salaris de la pesant estructura de la institució.
Durant aquesta època es va declarar una nova epidèmia de pesta a Catalunya, cosa que va portar la Diputació a traslladar-se a Montblanc primer; posteriorment a Lleida, i finalment a Vilafranca del Penedès. El 1502 es van reprendre les sessions a Barcelona i els diputats van demanar amb insistència que els dos diputats que s'absentaven més freqüentment, el mateix Alfons d'Aragó –que es presumia que era a València– i el representant del braç militar Joan de Montcada, fessin cap a les sessions, perquè sense ells no es podia governar el país i calia examinar els comptes del trienni anterior sense més dilació. A la Diputació estaven inquiets, a més, per les notícies que arribaven de França i que indicaven que si no fos per la pesta les tropes franceses ja haurien ocupat una part del territori català.